1957 год, разгар холодной войны. После событий первого фильма проходит 21 год. Постаревшего Индиану Джонса захватывают в плен коммунисты, возглавляемые агентом Ириной Спалько, чтобы профессор помог им в расследовании розуэлльского инцидента. Попутно они похищают Мэрион Рэйвенвуд — давнюю возлюбленную Индианы Джонса, ставя профессора перед выбором: бездействие и смерть Мэрион или помощь советской разведке в поисках легендарного хрустального черепа в обмен на свободу женщины. Линии Наски и карта приводят Индиану и сына Мэрион к усыпальнице конкистадора Франсиско де Орельяна, сподвижника Франсиско Писсарро, который отправился когда-то на поиски Эльдорадо и, как считалось до этого момента, пропал без следа со своими спутниками в джунглях Амазонки…